Tal medida casi exterminó a la población originaria de Cuba, diezmada además por las enfermedades desconocidas, el maltrato y la asimilación forzosa a una cultura tecnológicamente superior que los sometió e hizo todo lo posible por no dejar rastro de  su presencia en la historia de la isla.

Diego Velázquez estuvo facultado por el rey como “repartidor de indios”[1] y posteriormente para conceder “mercedes de tierra”[2], junto con otras medidas tendiente a estimular la colonización de la Isla.  Posteriormente los Cabildo continuaron otorgando las mercedes de tierra, facultad refrendada por el Oidor de Santo Domingo, Alonso de Cáceres en 1573.

En 1517 el gobernador de Cuba Diego Velázquez patrocina con sus propios recursos y sin permiso del Rey, una expedición de exploración a las costa de la península de Yucatán y sus inmediaciones a cargo de Hernando de Córdoba y una segunda con el mismo destino en 1518  dirigida por su sobrino Juan de Grijalva.

Con las noticias recopiladas en ambos viajes y el aliento de un gran botín, Diego Velázquez organiza una tercera expedición capitaneada por Hernán Cortés (1518), quien lo traiciona y rompe los vínculos con él, dirigiendo la célebre expedición que comenzó la conquista de México.

El éxito de Cortés provocó una estampida de los españoles asentados en Cuba, más de dos mil abandonaron la isla en busca de oro y fortuna fácil, pero lo peor fue que se puso al servicio de estas expediciones el capital necesario para el desarrollo de la colonia. En 1526 el Rey de España prohibió el abandono de la isla sin autorización, bajo pena de muerte y confiscación de bienes, era una medida tardía.

La total pacificación de la isla nunca fue una realidad para la colonia en el siglo XVI. En los documentos de la época se habla con frecuencia de “provincias indias”, territorios intrincados habitados por grupos de aborígenes que no se sometieron a la encomienda. Estos mantuvieron una latente rebeldía que por momento se hizo intensa y atrevida, llegando en algunas etapas a poner en peligro el trabajo de los lavaderos de oro, las haciendas y hasta las mismas villas.

No era un movimiento coordinado, sino la expresión natural y espontánea a la explotación y los desmanes del conquistador. La prueba de la magnitud que alcanzan estas incursiones punitivas de los naturales del país es la carta que le hace el Adelantado Velázquez a Rodrigo de Tamayo, en ella además de designarlo para dirigir las fuerzas para sofocar la rebelión lo instruye en los siguientes términos: “(...) por la presente en nombre de sus majestades e por virtud de sus poderes Reales que tengo os doy licencia pa q podays y con la gente q vierds ser necesaria de españoles contra los idhos indios cayos a los qles podays dar guerra hiriéndolos e prendiéndolos e a lo q se os defendieren los podays matar por mano q los demás indios cayos escarmienten de cometer lo semejantes delitos(...)”[3].

Con la muerte de Velázquez (1524) y la isla casi abandonada por los colonos españoles se reavivaron las rebeldías indígenas. Se incrementan los ataques de hacienda, apalencamiento[4] de indios encomendados y esclavos; y asaltos a españoles aislados. La rebeldía de los nativos se hace el mayor problema político de la colonia.

Ya desde inicio de la década del veinte del siglo XVI hay un incremento de apalencamiento de los aborígenes, que a lo largo de estos años han ido asimilando técnicas europeas, manejo de armas, monta de caballos, conocimiento de su idioma y tácticas guerrilleras que hicieron muy difícil la situación de los minoritarios núcleos de españoles en las villas.

Con  la intensificación de la rebeldía el asunto llega hasta el Consejo de Indias y hasta el mismo rey Carlos I ordena medidas muy drásticas contra los sublevados: ”Hazelles heis guerra como contra vasallos nros. questan alçados y rebelados contra nro. Servio y fidelidad para que cualquier persona los pueda matar y prender y hazer todo el  que quieran syn por ello caher ni incurrir en pena alguna (...)”[5].

Manuel de Rojas, sucesor de Velázquez en el gobierno de la isla, organiza cuadrillas para perseguirlos, pero sin éxito. La colonia pasa por su peor momento para los europeos, que se ven acorralados en sus haciendas y villas casi deshabitadas. El estado de rebeldía es tal que los nativos atacan y queman las villas de Baracoa y Puerto Príncipe.